I tråd med standard 33, har Fontenehuset Gjøvik et uavhengig styre. Styret består av personer som har posisjon og nettverk til å støtte fontenehuset på områder innen økonomi, jus, politisk rådgivning, utvikle jobbmuligheter, offentlige støtteordninger, brukerrettigheter og synliggjøring av fontenehuset.